Вся установка производится в шаблоне "Страница материала и комментариев к нему". Для начала поместим код $MESSAGE$ в блок, в котором будет происходить поиск ссылок:

<!-- Счетчик загрузок для каталога файлов -->
<div id="files">$MESSAGE$</div>
<!-- /Счетчик загрузок для каталога файлов -->

Теперь после этого кода добавим сам скрипт:
jQuery версия

<!-- Счетчик загрузок для каталога файлов3 -->
<script type="text/javascript">
var messageContainer = document.getElementById('files');
//Адреса файловиков
var sites = new Array('depositfiles', 'letitbit', 'vip-file', 'turbobit', 'upload24', 'hotfile', 'uploadbox', 'ifolder', 'rapidshare', 'hitfile', 'shareflare');

var links = messageContainer.getElementsByTagName('a');

for (var i = 0; i < links.length; i++) {
for (var j = 0; j < sites.length; j++) {
if (links[i].href.indexOf(sites[j]) != -1) {
links[i].onclick = load_count;
}
}
}
function load_count(){
var counterLoc = location.pathname + '-20';
$.get(counterLoc);
}
</script>
<!-- Счетчик загрузок для каталога файлов3 -->